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| DNA鑒定之SNPstream技術 |
SNPstream技術Ochid公司推出的一套自動化、超高通量基因型分析系統(tǒng)。該系統(tǒng)將多重PCR技術與SNP-ITTM標簽陣列單堿基延伸測序技術巧妙地結合在一起。它使用的是寡核苷酸微陣列，采用了一種全新的玻璃底座的384孔板，多重PCR反應與基因型分析是在同源反應中進行的，然后由軟件從雙色熒光中讀出實驗的結果。這個系統(tǒng)的靈活性在于既適合于對包含成千上萬個SNP和成千上萬個樣品的大項目進行低成本分析，又適合于對包含成百上千個SNP和成百上千個樣品的小項目進行低成本分析。 該系統(tǒng)需要三條引物，即一對PCR引物和一條SNP-IT引物。PCR引物一般為20～25bp，SNP-IT引物一般為40～45bp，SNP-IT引物由以下兩部分構成：5′端20bp的序列與微陣列中的對照標簽互補；3′端25bp的序列能夠形成3 ′互補，從而完成在SNP-IT反應中的延伸。引物的設計均采用Orchid公司推幽的基于網(wǎng)絡的引物設計工具Autoprimer．com，此網(wǎng)絡工具一次可以輸入200個序列，每個序列上有一個SNP位點。Autoprimer. com設計工具閱讀每個序列并設計三條引物。在384孔板中可以進行5µm的PCR反應，PCR反應之后，需要進行PCR產(chǎn)物的清潔和延伸反應，然后進行SNP成像分析。SNPstream成像儀是基于兩種激光產(chǎn)生兩種顏色的方法，每個樣品首先用488nm的激光照射，然后是532nm激光的照射，以激活固定在UHT微陣列板上的寡核苷酸的熒光。 SNPstream是一個自動化的多元系統(tǒng)，在384孔板上的每一個孔中，既可以處理12個SNP樣品，又可以處理48個SNP樣品。不論用戶的研究目標是低通量還是高通量，此系統(tǒng)對于每一個樣品的成本是相同的。在SNP引物與預擴增的DNA雜交后，標記了的終止堿基就會在目標SNP位點延伸引物。延伸了的引物就會被SNPware Tag Array板捕獲并被檢測出來。在SNPware Tag Ar-ray板上可以同時進行多元反應，板上的384孔中的每一個孔中有16個或52個已知序列或標簽的獨一無二的寡核苷酸，板上的每一個標簽與12個或48個延伸引物櫟簽之一互補．其余4個對照是為了確保其準確性。與為每個待測SNP個性化定制的微陣列板相比，此基于標簽的方法充分運用了普通微陣列板的大體積與低制造成本的特點，在成本、基因型及反應體積的縮減方面，PCR與SNP-IT標簽微陣列相結合的多路技術取得了重大的進步，而且初步的使用提示多路技術與擴充微陣列的進一步增加將會使基因組和大范圍內(nèi)的種群SNP基因分型日益實用化。在結果的一致性與準確性方面，有文獻報道，在一組盲測實驗中，將大約7800個UHT基因型與那些通過DNA測序已定的基因型進行比較分析，結果顯示與已知基因型的一致性達到99. 5%。更多詳情：http://www.qinzijianding.cn |
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