非序列特異性的SNP檢測是一種基于構(gòu)象的突變掃描方法，其基本原理是：對于一個經(jīng)PCR擴增后具有固定長度的DNA片段而言，其分子構(gòu)象是由堿基序列所決定的。因此，單個堿基的改變能夠引起DNA分子單鏈或等位基因間形成的錯配異源雙鏈在非（或輕度）變性條件下存在微小的構(gòu)象差別，這些不同的構(gòu)象體在電泳或高效液相檢測中因移動性的差異而得以區(qū)分：發(fā)現(xiàn)新的SNP的一個普遍策略就是首先用PCR方法擴增感興趣的基因或基因片段．然后利用基于構(gòu)象的突變掃描方法快速分析大量PCR產(chǎn)物，最后對陽性的PCR產(chǎn)物進行測序，從而發(fā)現(xiàn)新的突變。可供選擇的方法包括單鏈構(gòu)象多態(tài)性分析( SSCP)、構(gòu)象敏感凝膠電泳、變性梯度凝膠電泳和變性HPLC等。基于構(gòu)象的SNP檢測方法的優(yōu)點是可以簡單快速地確定目標(biāo)基因片段中是否存在突變，其缺點是：①不能給出序列信息，因而無法確定具體突變位點與突變形式；③不能對一個PCR片段中的多個突變加以區(qū)分；③對操作者技術(shù)要求較高。
序列特異性的SNP檢測是根據(jù)已知的基因序列和SNP信息，設(shè)計序列特異性的探針和引物，用于已知SNP的分析和確證。隨著更為精確的人類基因組圖譜和高密度SNP圖譜的完善，目前SNP檢測的重點正在由SNP的發(fā)現(xiàn)逐漸轉(zhuǎn)移至對個體或人群中已知SNP的確定和與復(fù)雜表型的相關(guān)性(如LD)研究。隨著熒光標(biāo)記、檢測技術(shù)的發(fā)展和固相反應(yīng)技術(shù)的應(yīng)用，序列特異性SNP檢測正在向大規(guī)模、高密度、平行快速檢測的方向發(fā)展，已成為基因分型方法的研究重點。
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