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在固體支持物上電泳時，異質雙鏈DNA (heteroduplex，HTX)構象的變化決走了其電泳遷移不同于純合雙鏈( homoduplex)。基于這一原理的HTX分析，主要是把野生型和突變型雙鏈擴增產物同時變性并混合復性，通過EB染色顯示最終的電泳條帶，分析相應序列結構的構象所決定的遷移位置變化，進而判斷突變的有無。因為SSCP技術不能檢測沒有導致遷移變異的突變多態性，HTX分析與SSCP技術的聯合使用將會使結果更加可信。同時，HTX方法也避免了同位素的使用。
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